Участок «Нургуш»
Водная поверхность участка «Нургуш» 303 га.
На его территории отмечено свыше 80 водоемов и 5 водотоков. Все они связаны постоянными или временными протоками в общую систему пойменных водоемов, охватывающую всю территорию заповедника.

р. Вятка. Фото С. Е. Шубина
Участок «Нургуш» находится в среднем течении реки Вятка – притока второго порядка р. Волга, — занимает большую часть правобережного расширения ее поймы.
Естественными границами ООПТ на севере и востоке является река Вятка, образующая на этом участке большую излучину, с юга — озеро Боровская Старица, на западе — притеррасная р. Прость. Вятка является главной рекой заповедника, хотя и протекает по его границам.

р. Прость. Фото Л. Г. Целищевой
Кроме Прости по территории заповедника протекают реки Хмелевка и Рель.
Реки отличаются от озерных протоков только тем, что в силу большого падения русла они обладают постоянно заметным течением, хотя и медленным.
В протоках же в межень течение порой обнаружить трудно.
Общее направление течения во всей системе рек с севера на юг, т.е. совпадает с направлением течения р. Вятки.
Крупные озёра — несомненно старицы Вятки: Нургуш, Черное, Бабье, Нефедово.
Озеро Кривое

Фото Н. Н. Ходырева
Озеро Кривое расположено в центре заповедника и является самым крупным по своим размерам.
Форма озера подковообразная, выпуклостью оно направлено на восток. Концы озера заметно обособляются от него и образуют заливы. Южный, широкий, но короткий, — Лопата, а северный, длинный, но более узкий, — Бакалово.
Длина озера, включая заливы, 4,4 км, наибольшая ширина — 158 метров.
Озеро Черное

Фото Н. Н. Ходырева
По своим размерам и по глубине занимает второе место в заповеднике. Озеро имеет форму полумесяца, выпуклостью расположено подобно озеру Кривому.
Длина береговой линии — 6 км, максимальная ширина — 127 м, наибольшая глубина — 440 см.
Черным оно было названо из-за более темной воды, по сравнению с другими озерами.
Озеро Нургуш

Фото Н. Н. Ходырева
Озеро Нургуш — третье по величине озеро заповедника, расположено в его восточной части. Это наиболее живописное озеро заповедника. Оно вытянуто с севера на юг. Южная часть его отклоняется к востоку, что придает ему сходство с формой крючка.
Длина озера 1,3 км, ширина достигает 90 м. В средней части озера оба берега становятся высокими, а на юге оба сильно снижаются. Максимальная глубина — 563 см.
Дно, в основном, плотное и только у отлогих берегов имеется незначительный запас ила. С весенним паводком озеро промывается вешними водами.
Озеро Бабье

Фото Н. Н. Ходырева
Озеро Бабье расположено в западной части заповедника. Его длина — 0,6 км.
Озеро вытянуто в длину, ориентировано с севера на юг и связано протоками с соседними озерами. Северная часть озера представляет собой заболоченное пространство, переходящее в пересыхающую протоку. В южной части озеро расширено. Берега очень живописны.
Вдоль правого берега тянется грива высотой до 2.5 м, поросшая соснами с примесью лиственных пород. Левый берег пологий низкий заболоченный, особенно в северной части озера. Он занят лиственными породами. У воды наиболее часто встречаются осины, березы, черемухи, ивы. На приподнятых участках берега встречаются липы, дубы, вязы.
Озеро Нефедово

Фото Н. Н. Ходырева
Озеро Нефедово расположено в западной части заповедника, простирается с севера на юг, параллельно оз. Бабье. Общая длина около одного километра, его ширина не превышает 35 м.
Берега в северной части низкие и пологие, сильно заболоченные, поросшие ивами, березами, осинами.
На высоких местах встречаются дубы, липы, редко — сосны. В центральной части берега представлены гривами. Южная часть озера сужается и соединяется протокой с оз. Бабье.
Участок «Тулашор»
Большая часть территории расположена в пределах Вятско-Камского водосборного бассейна и формирует бассейн р. Федоровки, притока второго порядка р. Вятки. Территория непосредственно прилегает к водоразделу между Волжско-Камским и Северным бессейнами.

Фото Е. М. Тарасовой
Гидрографическая сеть состоит из р. Федоровки и ее притоков. Река Федоровка представляет собой небольшую медленно текущую лесную речку, шириной 10-15-20 м, мелкую и извилистую. Некоторые притоки в летний период пересыхают. Озера отсутствуют, за исключением мелких стариц вдоль р. Федоровки. Грунтовые воды залегают неглубоко — от 0,5 до 8 м.